Nació en Manchester, Inglaterra, el 27 de Agosto de 1959. Fue hija adoptada de Constance  John William Winterson, ambos pertenecientes a la iglesia Pentecostal, fue educada en un ambiente extremadamente evangélico. Debido a cierto "talento" para ganar adeptos, desde pequeña al parecer sus padres suponían, debido a su capacidad para escribir sermones y atraer personas, que  estaba destinada a convertirse en misionaria, pero para Winterson eso no era la idea. Sus inclinaciones hacia personas del mismo sexo hicieron irreconciliables algunos puntos con la congregación, como consecuencia de esto, abandonó su hogar a la edad de quince años. 

Asistió al Accrinton College y se mantuvo a sí misma trabajando en varias cosas, que incluyeron manejar una camión de helados, como hacer trabajos de plomería en un hospital para enfermos mentales, así como trabajar en una funeraria. 

A pesar de esta educación difícil, logró ingresar al St. Catherine's College de Oxford, donde recibió su grado en Artes en el año 1981. Luego de graduarse, se mudó a Londres, donde trabajó en el Teatro Roundhouse, así como el negocio editorial. En el año 1985 publicó su primera novela, Oranges are not the only fruit (existe una versión fílmica de este libro ver Oranges are not the only fruit) una suerte de novela autobiográfica donde narra sus vivencias juveniles como una chica educada dentro de una rígida moral cristiana fundamentalista, así como la homofobia reinante. Con esta novela ganó el Premio Whitbread por la primera mejor novela. Posteriormente publicó la novela La pasión en el año 1987, con la  cual ganaría otro premio que establecería su reputación como escritora.  Proseguiría con otras novelas como Sexing the Cherry en el año 1989, con la cual ganó el premio EM Forster de artes y letras, y en el año 1992 aparecería con Escrito en el cuerpo, una novela con una elevada carga erótica (ver extracto La poética del sexo) con narrador ambiguo en cuanto a su género, innominada, a la cual definió: “Written on the body is a secret code only visible in certain lights: the accumulations of a lifetime gather there. In places the palimpsest is so heavily worked that the letters feel like Braille. I like to keep my body rolled up away from prying eyes, never unfold too much, or tell the whole story. I didn't know that Louise would have reading hands. She has translated me into her own book.”

Ha seguido escribiendo cuentos y ensayos, su última novela es del año 2004 y su título es “Lighthousekeeping”. Vive en companía de su libros (es una gran coleccionista) y su pareja Margaret "Peggy" Reynolds.